Сотрудничество Анкарского университета Йылдырым Боязид с Самаркандским государственным университетом началось в 2020 году. В том же году, во время первого визита Анкарского Университета Йылдырым Боязид Ибрагима Айдынли в Узбекистан, было налажено сотрудничество с 8 университетами Узбекистана. Самаркандский государственный университет является основным из них.