Зоологический музей Самаркандского государственного университета имени Шарофа Рашидова был создан в 1934 году по инициативе известных фаунистов С.К.Даля, К.К.Даля и коллекционера К.К.Поваровой. Зоологический музей – единственный зоологический музей в Узбекистане и Центральной Азии, имеющий коллекцию из более чем 6000 редких и уникальных животных.

    Зоологический музей является ценным источником для изучения систематики, фаунистики, экологии и филогении беспозвоночных и позвоночных животных, определения видового состава рыб, обитающих в среднем течении реки Зарафшан, проведения ихтиологических, орнитологических, териологических и анатомо-морфологических исследований. Зоологический музей имеет свое место и значение в продуктивном и эффективном осуществлении научной и педагогической деятельности, скорейшем формировании экологической культуры и идеологии подрастающего поколения, а также правильном осуществлении экологического образования и воспитания, охране живой природы.

    Кроме того, в Зоологическом музее имеется энтомологическая коллекция, содержащая всего 100-110 000 различных насекомых, относящихся к 10 000 видам насекомых и остеологическая коллекция по истории териофауны Средней Азии. В настоящее время 30-40 процентов видов животных, представленных в музее, почти не встречаются в природе или стали редкими, а некоторые полностью вымерли. Например, экспонат туранского тигра, пойманного у берегов Амударьи в 1935 году, имеется только в нашем музее, очень ценный пушной зверь из рода Martes среднеазиатская или иранская выдра (Lutra lutra seistanica), ирбис или снежный барс (Uncia uncia) занесенная в Красную книгу Узбекистана и в Красный список Международного союза охраны диких животных, численность которого в последние годы сокращается. Еще один интересный экспонат Зоологического музея это – скелет индийского слона. Среди представителей фауны птиц такие редкие экспонаты как, голубой сороки (Cyanopica cyana), изготовленный в 1862 году, королинская утка (Aix sponsa), изготовленная в прошлом веке, лебедя-шипуна (Cygnus olor Gmelin), занесенного в Красную книгу Узбекистана, пойманная в 1910 году из окрестностей Ургута, представляют собой ценный научный экспонат.

    Еще одна уникальность Зоологического музея в том, что часть хранящихся в нем экспонатов — виды, занесенные в Красную книгу Узбекистана и Красный список Международного союза охраны природы и природных ресурсов.

    В этом уникальном объекте имеется ценная остеологическая коллекция по истории териофауны Средней Азии, а музейные экспонаты, особенно остеологическая коллекция музея, посвященная истории териофауны Центральной Азии в антропогенный период, имеют чрезвычайно важное значение в подготовке высококвалифицированных специалистов.

    За последние годы в музее подготовлено более 1000 новых зоологических экспонатов, более 500 энтомологических коллекций, также при зоомузее создана единственная в республике таксидермическая лаборатория. К работе данной лаборатории привлекаются студенты кафедры, ежегодно обучаются 2-3 таксидермиста.

    В настоящее время работа таксидермической лаборатории показывает что, перспектива подготовки специалистов-таксидермистов в зоологическом музее, изготовлении таксидермических экспонатов в музее, реставрации музейных экспонатов, наполнении их новыми экспонатами, привлечение студентов к такой редкой профессии и выполнении курсовых, выпускных работ и магистерских диссертаций заслуживает особого внимания. Подготовленные студентами зоологические экспонаты размещаются в витринах музея и оставляют положительное впечатление у иностранных и отечественных гостей, посетивших музей.

    В 2011 году Зоологический музей СамГУ был включен в аннотированный справочник «Музеи университетов Евразийской ассоциации», подготовленный «Музеем геонаук» МГУ на основании решения Совета Ассоциации евразийских университетов.

    В настоящее время Зоологический музей используется для изучения теоретических и практических основ всех зоологических наук, с учащимися школ, академических лицеев, профессиональных колледжей, проведения уроков зоологии, экологии и природоохранной деятельности, экологической культуры у подрастающего поколения. стать местом проведения работы по формированию идеологии и нравственности. Ежегодно музей посещают тысячи детей дошкольных образовательных учреждений, учащиеся школ, академических лицеев, профессиональных колледжей, студенты высших учебных заведений, местные и зарубежные гости, деятели науки, культуры и государственные деятели.

    Зоологический музей расположен в здании Института биохимии и состоит из следующих отделов:

- беспозвоночные (энтомологическая коллекция);

- рыбы;

- земноводные и пресмыкающиеся;

- птицы;

- млекопитающие;

- остеологические коллекции.

    Зоологический музей насчитывает более 6000 экспонатов животных, которые состоят из экспонатов животных, обитающих в Южной и Северной Америке, Европе, Африке, Азии и Австралии.

    Среди экспонатов музея заслуживают внимания беспозвоночные, в том числе очень привлекательная бабочка морфи из долины Амазонки, южноамериканский жук-геркулес, бронзовый жук, императорский скорпион, южно-российский тарантул, морские звезды, морские членистоногие и другие.

    Представители надкласса рыб отличаются разнообразием и большим количеством видов среди позвоночных. В музее экспонаты из класса хрящевых рыб – обыкновенного ската, шипохвостого ската, электрического ската, колючей акулы, североамериканской щуки, обитающей в Центральной и Северной Америке, из класса костистых рыб, саргана, распространенной в Испании, Дании, Норвегии, морского окуня. Особое место занимают эндемичный вид Республики Узбекистан туркестанский усач и сырдарьинский и амударьинский лжелопатоносы из надотряда хрящевых ганоидов и другие.

    В Зоологическом музее представители классов земноводных пресмыкающихся представлены аксолотлями, из широко распространненых в  Северной Америке хвостатых амфибий, огненными саламандрами, тритонами, семиреченскими лягушками, зелеными лягушками из отряда бесхвостых земноводных, озерными лягушками, квакшами, чесночницами, жерлянками, японскими лягушками, морскими черепахаами - бисса, китайскими аллигаторами, распространенных в низовьях реки Янцзы, Восточном Китае, обыкновенным хамелеоном, обитающий в Африке, Мадагаскаре, тропической Азии, Европе и Южной Испании, сетчатым питоном, обитающий в Азии, Западно-африканским и нильским варанами, тигровым питоном, шипостохвостой агамой, тонкохвостой кипарисовой змеёй, песчанкой, восточным удавчиком, серым вараном, и среднеазиатской коброй, занесенной в Красную книгу Узбекистана и другими экспонатами животных.

    Среди экспонатов музея своим разнообразием выделяются представители класса птиц. Среди представителей фауны птиц – голубая сорока, изготовленный в 1862 году, королинская утка, привезенный из Москвы в 1905 году, и лебедь-шипунь, добытый в 1910 году в окрестностях Ургута и занесенный в Красную книгу Узбекистана считаются уникальными научными экспонатами.

    Много интересных экспонатов можно встретить в коллекции млекопитающих. Одним из самых замечательных и ценных экспонатов музея является экспонат Туранского тигра, полностью уничтоженный человеком. Экспонат туранского тигра, пойманного в 1935 году у берегов Амударьи, хранится только в нашем музее.

    Заслуживает внимания и среднеазиатская или иранская выдра, с ценным мехом, относящаяся к семейству куньевых, численность которого в последние годы сокращается. Еще один интересный экспонат Зоологического музея – это скелет индийского слона.

    Сегодня зоологический музей представляет собой крупный научный центр, который служит источником для изучения студентами таких предметов, как систематика животных и фаунистика. Также зоологический музей является местом проведения зоологических занятий с учащимися школ, академических лицеев и колледжей по изучению теоретических и практических основ всех зоологических наук, экологической и природоохранной деятельности, воспитания экологической культуры у подрастающего поколения. Ежегодно музей посещают тысячи детей дошкольных образовательных учреждений, учащиеся школ, академических лицеев, профессиональных колледжей, студенты высших учебных заведений, местные и зарубежные гости, деятели науки, культуры и государственные деятели.

    Кроме того, Зоологический музей ежегодно участвует в республиканской ярмарке «INNOWEEK» с зоологическими экспонатами, подготовленными в таксидермической лаборатории.

    Согласно Постановлениям Государственного комитета по науке и технологиям при Кабинете Министров Республики Узбекистан, в 1996-2024 годах в целях дальнейшего развития Зоологического музея Самаркандского государственного университета, для материальной поддержки зоомузея и привитии у подрастающего поколения любви к родной природе и животному миру финансируется. Эти средства используются для ремонта, обновления, пополнения музейных коллекций и экспонатов, а также на создание ландшафтных экспозиций и диорам.

    В 2024 году зоологическому музею СамГУ исполнилось 90 лет. В настоящее время одной из основных целей и важных задач зоологического музея является обогащение музейных витрин экспонатами животных, обитающих в других регионах мира, осуществление взаимовыгодного сотрудничества в рамках международной музейной ассоциации, обеспечение обмена экспонатами с другими музеями мира, формирование у будущего поколения чувства любви к родной природе, ее драгоценному и разнообразному животному миру, что считается актуальной задачей, поэтому обучение их сохранению среды обитания и условий жизни животных, воспитание экологической культуры и сознания, проведение образовательно-воспитательных работ по сохранению биоразнообразия животного мира нашей Республики.