История гербарной коллекции ботанического факультета Самаркандского государственного университета 1927 г. связано с именем Первого ректор Самаркандского государственного университета, профессор Н.А. Меркулович. Коллекция гербария находится в здании биологического факультета Самаркандского государственного университета. Эта коллекция включает 20 000 гербарных экземпляров, из них 16 000 научных и 4 000 учебно-методических гербариев.

     В 1927-1941 гг. при создании гербарного фонда первые гербарные образцы были собраны Н.А. Меркуловичем, М.Г. Поповым, К.З. Закировым, Е.И. Проскоряковым, О.Ф. Гэйзом, Г.А. Сергеевой, Г.С. Чугаевой, Х. Эшонкуловым, М. Ахмедовым, Г. Шодиевым, В. Романенко и другими учеными из районов нашей республики и сопредельных республик.

   

Для сбора гербарной коллекции были организованы научные экспедиции в ряд регионов совместно с профессорами и преподавателями СамГУ, докторантами, научными работниками и талантливыми студентами.

     В основном они были переброшены в Зеравшанскую долину и частично в южные и восточные районы нашей республики. Согласно историческим источникам университета, основная часть гербарных коллекций – это продукты 4-х крупных Ангренской, Заравшанской, Памир-Алоя и Хисарской экспедиций. Образцы, собранные в ходе этих экспедиций, имели большое значение для пополнения гербарного фонда. Большую часть научного гербария составляет флора Зеравшанской долины.

     В 1938 году профессор М.Г. Попов был приглашен в Самаркандский государственный университет из Саратовского государственного университета. Попов внес большой вклад в обогащение и развитие гербарной коллекции. Вместе с учеными СамГУ профессор собрал более 500 гербарных образцов и систематически проанализировал их.

     Академик К.З. Закиров, проф. Н.А. Меркулович и М.Г. Попов собрали актуальны гербари. Эти коллекции старинные и редкие, они были собраны в начале 20 века. На их основе сформировалось таксономическое деление гербариев.

     Профессор Н.А. Меркуловичем (1927-1930) научные статьи и монографии по нескольким семействам растений по материалам экспедиций, организованных в «Зарафшан, Памир-Олой, Хисар, Хазрати-Султан» и многие собранные гербарные данные. В то же время ученый одним из первых провел исследования по анализу флоры Узбекистана и был редактором I тома крупного капитального труда нашей Республики «Флора Узбекистана».

Собранный гербарный фонд послужил основой для создания новых родов и видов. Большинство этих гербариев были подарены Институту ботаники РАН и гербарному фонду Института ботаники им. В. Л. Комарова (Санкт-Петербург).

Большую часть гербария пинадлежит академику К.З. Закирову. В 1937-1941 годах молодой ученый работал с известным флористом, систематиком, флоригенетиком, ботаником-географом М.Г. Поповым. Вместе с профессором М.Г. Поповым Кадыр Зокирович приступил к детальному изучению флоры бассейна реки Заравшан и открыл ряд новых видов. Во-первых, в 1938 году он открыл новый тип серии шора, названный в честь его учителя - Salsola Merkuloviczi Zak. назвал это. При этом Кадыр Зокирович открыл ряд новых видов из родов Heterocerium, Lappula, Rochelia, Onosma. Эта информация была опубликована в сборнике научных трудов университета. Этот новый вид был включен во II том «Флоры Узбекистана». Позже он глубоко изучил семейство Борагиновые, считающееся очень богатым видами, и научно обосновал существование еще 4 триб в дополнение к 6 известным трибам подсемейства Борагиновые, а также перенос некоторых видов из подсемейства Борагиновые. Семейство Solenanthus к семейству Lindelofia.

     К 2017-2022 годам по инициативе ректора Самаркандского государственного университета большое внимание было уделено коллекции исторического гербария СамГУ. Для этого редкого клада, хранящегося в нескольких аудиториях биологического факультета, было создано отдельное здание, получившее название «Гербарий-Ботаническая научно-исследовательская лаборатория» СамГУ. Кроме того, при лаборатории были созданы лаборатории «Палинология», «Микология», «Бриология и лихенология». Эти лаборатории отличаются тем, что они созданы впервые в стране. В 2021 году гербарий СамГУ был включен в список 3100 «Herba SamDU» на международной гербарной платформе, созданной в США, как исторический раритет.