Самарқанд давлат университети ботаника кафедраси гербарий коллекцияси тарихи 1927 йил Самарқанд давлат университетининг биринчи ректори, профессор Н.А. Меркулович номи билан боғлиқ. Гербарий коллекцияси Самарқанд давлат университетининг биология факультети биносида жойлашган. Ушбу коллекцияда 20 минг гербарий намунаси бўлиб, улардан 16 минг намуна илмий, 4 мингтаси ўқув методик гербарийлар ҳисобланади.

    Гербарий фондини ташкил этишда дастлабки гербарий намуналари 1927-1941 йиллар давомида Н.А. Меркулович, М.Г. Попов, Қ.З. Зокиров, Э.И. Проскоряков, О.Ф. Газе, Г.А. Сергеева, Г.С. Чугаева, Х. Эшонкулов, М. Аҳмедов, Г. Шодиев, Р.Ф. Файзиев, В. Романенко ва бошқа олимлар томонидан республикамиз ва чегарадош республикалар ҳудудларидан йиғилган.

    Гербарий коллекциясини тўплашда СамДУ профессор-ўқитувчилари, докторантлар, илмий тадқиқотчилар ва иқтидорли талабалар билан биргаликда бир қатор ҳудудларга илмий экспедициялар уюштирилган.

    Улар асосан Зарафшон водийсига ва қисман республикамизнинг жанубий ва шарқий ҳудудларида ўтказилган. Университет тарихий манбаларида қайд этилишича, гербарий коллекцияларининг асосий қисми 4 та йирик Ангрен, Зарафшон, Помир-Олой ва Ҳисор экспедициялари маҳсули ҳисобланади. Мазкур экспедициялар давомида йиғилган намуналар гербарий фондини тўлдиришда катта аҳамият касб этган. Илмий гербарийнинг катта қисми Зарафшон водийси флорасидир.

    1938 йилда Самарқанд давлат университетига Саратов давлат университетидан таклиф қилинган профессор М.Г. Поповнинг гербарий коллекцияси бойиши ва ривожланишида ҳиссаси катта. Профессор СамДУ олимлари билан биргаликда 500 дан ортиқ гербарий нусхаларини тўплаган ва систематик таҳлил қилган.

    Коллекциянинг тарихий бўлимига академик Қ.З. Зокиров, профессор Н.А. Меркулович ва М.Г. Поповлар йиғган гербарийлар тааллуқли. Бу коллекциялар қадимий ва ноёб бўлиб, улар ХХ асрнинг бошларида йиғилган. Булар асосида гербарийларнинг таксономик бўлими шакллантирилган.

    Профессор Н.А. Меркулович (1927-1930 йй.) “Зарафшон, Помир-Олой, Ҳисор, ва Ҳазрати-Султон” га уюштирилган экспедицияларда ва кўплаб тўпланган  гербарий маълумотлари асосида бир неча ўсимлик оилалари бўйича илмий мақола ва монографиялар нашр этган. Шу билан бирга, аллома Ўзбекистон флорасини таҳлил қилишда биринчилар қаторида тадқиқотлар олиб борган ва Республикамизнинг йирик капитал асари «Флора Узбекистана» нинг I томига муҳаррирлик қилган.

    Терилган гербарий фонди янги туркум ва турларнинг яралишига асос бўлган. Айнан шу гербарийларнинг кўп қисми ЎзР ФА Ботаника  иниститутига ва В.Л.Комаров номли (Санкт-Петербург) Ботаника институтининг гербарий фондига тақдим этилган. 

    Гербарийнинг энг катта қисми академик Қ.З. Зокировга тегишли. Олим 1937-1941 йиллар мобайнида машҳур флорист, систематик, флоргенетик, ботаник-географ  М.Г. Попов  билан ёнма-ён меҳнат қилди. Қодир Зокирович профессор М.Г.Попов билан биргаликда Зарафшон дарёси ҳавзасининг флорасини батафсил ўрганишни бошлаб берди ва бир қатор янги турларни кашф этди. Дастлаб, 1938 йилда шўра туркумининг янги турини кашф этди ва устози номига - Salsola Merkuloviczi Zak.. деб номлади. Шу жараёнда Қодир Зокирович Heteroceryum, Lappula, Rochelia, Onosma туркумларидан бир қатор янги турларни кашф этди. Бу маълумот университетнинг илмий ишлари тўпламида эълон қилинди. Ушбу янги тур “Флора Узбекистана” нинг ИИ жилдига киритилди. Кейинчалик турларга анча бой ҳисобланган Кампирчопондошлар - Boraginaceae оиласини чуқур ўрганиб, Кампирчопондошчалар кичик оиласи ҳажмида маълум бўлган 6 трибадан ташқари яна 4 трибанинг мавжудлигини, Solenanthus туркумидан айрим турларни Lindelofia туркумига ўтказишни илмий асослади.

    2017-2022 йилларга келиб Самарқанд давлат университети ректори ташаббуси билан СамДУ тарихий гербарий коллекциясига катта эътибор қаратила бошланди. Биология факултетининг бир неча оъқув хоналарида сақланаётган ушбу нодир хазина учун алоҳида бино ташкил этилиб, СамДУ нинг “Гербарий – Ботаника тадқиқотлар илмий лабораторияси» деб номланди. Бундан ташқари лаборатория қошида «Палинология», «Микология», «Бриология ва лихенология» номли лабораториялар ташкил этилди.  Ушбу лабораториялар республика бўйич биринчи бор ташкил этилганлиги билан характерлидир. 2021 йилда СамДУ гербарийси тарихий нодир объект сифатида АҚШ да ташкил этилган халқаро гербарийлар платформасида “ Herba SamDU ” номи билан 3100 талик рўйхатдан жой олди.