Samarqand davlat universitetining tarixi Mirzo Ulug‘bek madrasasining tashkil qilinishi, ya’ni 1420-yilning 21-sentyabridan  boshlanadi. Madrasada ilk bor Mavlono Muhammad Xavofiy 100 dan ortiq tinglovchilar oldida Klavdiy Ptolomey nazariyasi bo‘yicha ilmiy ma’ruza qilgan

    O‘sha kundan e’tiboran Mirzo Ulug‘bek madrasasida talabalar diniy bilimlar bilan bir qatorda algebra (al-jabr), geometriya (handasa), huquq (fiqh) va boshqa fundamental fanlardan saboq ola boshladilar. Madrasadagi ta’lim jarayoni Ashtarxoniy Abulfayzxon davri, ya’ni XVIII asrning 1-yarmidagi bir necha o‘n yillarni qamrab olgan muddatni e’tiborga olmaganda uzluksiz ravishda XX asrning 20 yillariga qadar davom etdi. O‘tgan vaqt davomida ushbu madrasa o‘z davrining eng ilg‘or, obro‘li ta’lim dargohi – madrasai oliya sifatidagi nufuzini yo‘qotmadi. Madrasa sovetlar davrida ham pedagogik kadrlar tayyorlash sohasidagi faoliyatini davom ettirdi.

    1920-yildan boshlab Mirzo Ulug‘bek madrasasi mudarrislari pedagog kadrlar tayyorlash bo‘yicha qisqa muddatli kurslarga jalb qilinib, ularning bitiruvchilari keyinchalik ta’lim muassasalarida dars bera boshlagan edilar.  Keyinchalik, 1927-yil 22-yanvarda Samarqandda Oliy pedagogika instituti tashkil etildi.

    Pedagogika instituti Markaziy Osiyodagi birinchi oliy o‘quv yurtlaridan biri hisoblanadi. Keyinchalik universitetga aylantirilgan institut pedagogik jamoasining asosini sobiq ittifoqning Moskva, Leningrad va Kiyev shaharlaridan taklif etilgan professor-o‘qituvchilari bilan bir qatorda Ulug‘bek madrasasida oliy ma’lumot olgan milliy ziyolilarning taniqli vakillari tashkil qildi. Ushbu fakt Samarqand davlat universiteti Mirzo Ulug‘bek madrasasining bevosita vorisi ekanligini tasdiqlaydi.

    1930-yilda ta’lim muassasasi Oliy pedagogika akademiyasiga aylantirildi. Akademiyaning birinchi rektori Karim Abdullayev (1931-1935). 1933-yilda Pedagogika akademiyasi va Tibbiyot instituti negizida Markaziy Osiyodagi eng yirik universitetlardan biri – O‘zbekiston davlat universiteti tashkil etildi.

    XV asrning 60-yillarida Mirzo Ulug‘bek madrasasida tahsil olgan shoir, faylasuf va davlat arbobi Alisher Navoiy tavalludining 500 yilligi munosabati bilan 1941-yilda O‘zbekiston davlat universitetiga ulug‘ allomaning nomi berildi. Xuddi shu yili Ikkinchi Jahon urushi boshlanishi munosabati bilan universitet faoliyati vaqtincha to‘xtatildi. 1941-1944 yillarda Samarqand universiteti vaqtincha Toshkent davlat universiteti bilan birlashtirildi.

    1944-yilda rektor Musa Mo‘minov tashabbusi va respublika rahbariyati ko‘magi bilan universitet faoliyati qayta tiklandi.

    1961-yilda O‘zbek davlat universitetining nomi Alisher Navoiy nomidagi Samarqand davlat universiteti deb o‘zgartirildi.

    1992-yilda Sadriddin Ayniy nomidagi Samarqand pedagogika instituti Samarqand davlat universiteti tarkibiga kiritildi.

    1994-yilda Samarqand davlat universitetining chet tillari fakulteti negizida Samarqand davlat chet tillar instituti tashkil etildi.

    2022-yilda Samarqand davlat universitetiga atoqli davlat arbobi Sharof Rashidov nomi berildi.

    Turli yillarda universitetda ta’lim olgan talabalar orasidan o‘nlab yirik davlat, madaniyat va fan arboblari, yozuvchi va shoirlar yetishib chiqdi. Ulardan Sharof Rashidov, Hamid Olimjon, Uyg‘un, Ibrohim Mo‘minov,  Yahyo Gʻulomov, Muhammad Asimi, Abdullo Gʻani, Mirtemir, Usmon Nosir, Manzura Sobirova, Xabib Yusufiy, Omon Matjon, Nodir Jonuzoq va boshqalarning nomlari O‘zbekiston va jahonga tanildi.