Samarqand davlat universitetining tarixi buyuk olim Muhammad Xavofiy 100 dan ortiq tinglovchilar oldida Klavdiy Ptolomey nazariyasi bo’yicha ilmiy ma’ruza qilgan 1420-yilning 21-sentyabridan – Mirzo Ulug’bek madrasasi tashkil etilgan kundan boshlanadi. O’sha kundan e’tiboran ish boshlagan Mirzo Ulug’bek madrasasida talabalar diniy bilimlar bilan bir qatorda algebra (al-jabr), geometriya (handasa), huquq (fiqh) va boshqa fundamental fanlardan saboq ola boshladi.

Yozma manbalar va ilmiy izlanishlar Samarqand davlat universiteti Mirzo Ulug’bek madrasasining bevosita vorisi ekanligini tasdiqlaydi. Demak, 2020-yilda Samarqand davlat universiteti 600 yoshga to’ladi.

Turkiston Respublikasi rahbariyatining qarori bilan 1920-yildan boshlab Mirzo Ulug’bek madrasasi mudarrislari pedagog kadrlar tayyorlash bo’yicha qisqa muddatli kurslarga jalb qilinib, ularning bitiruvchilari keyinchalik ta’lim muassasalarida dars bera boshladi. Keyinchalik, 1927-yil 22-yanvarda O’zbekiston SSR poytaxti Samarqandda Oliy pedagogika instituti tashkil etildi. Ushbu ta’lim muassasasi Markaziy Osiyodagi birinchi oliy o’quv yurtlaridan biri edi. Madrasada oliy ma’lumot olgan milliy ziyolilarning taniqli vakillari bilan bir qatorda sobiq ittifoqning Moskva, Leningrad va Kiyev shaharlaridan professor-o’qituvchilar institutga ishga taklif etildi.

1930-yilda ta’lim muassasasi Oliy pedagogika akademiyasiga aylantirildi. Akademiyaning birinchi rektori Karim Abdullayev (1931-1935) bo’lib, keyinchalik u Stalin qatag’oniga uchragan edi. 1933-yilda Pedagogika akademiyasi va Tibbiyot instituti negizida Markaziy Osiyodagi eng yirik universitetlardan biri – O’zbekiston davlat universiteti tashkil etildi.

XIV asarning 60-yillarda Mirzo Ulug’bek madrasasida tahsil olgan shoir, faylasuf va davlat arbobi Alisher Navoiy tavalludining 500 yilligi munosabati bilan 1941-yilda O’zbekiston davlat universitetiga ulug’ allomaning nomi berildi. Xuddi shu yili Ikkinchi Jahon urushi boshlanishi munosabati bilan universitet faoliyati vaqtincha to’xtatildi. 1941-1944 yillarda Samarqand universiteti vaqtincha Toshkent davlat universiteti bilan birlashtirildi.

1944-yilda rektor Musa Mo’minov tashabbusi va mamlakat rahbariyati ko’magi bilan universitet faoliyati qayta tiklandi. 1944-1951 yillarda M.Mo’minov universitetga S. Ayniy, U. Tursunov, I. Kukles, R. Iskandarov, I. I. Umnyakov kabi taniqli olimlarni, boshqa tajribali pedagoglarni jalb qildi.

1961-yilda O’zbek davlat universitetining nomi Alisher Navoiy nomidagi Samarqand davlat universiteti deb o’zgartirildi.

1992-yilda S.Ayniy nomidagi Samarqand pedagogika instituti Samarqand davlat universiteti tarkibiga kiritildi.

1994-yilda Samarqand davlat universitetining chet tillari fakulteti negizida Samarqand davlat chet tillar instituti tashkil etildi.

Turli yillarda universitetdan o’nlab yirik davlat, madaniyat va fan arboblari, yozuvchi va shoirlar yetishib chiqdi. Ulardan Sharof Rashidov, Hamid Olimjon, Uyg’un, akademik Ibrohim Mo’minov, akademik Yahyo G’ulomov, Muhammad Asimi, Abdullo G’ani, Mirtemir, Usmon Nosir, Manzura Sobirova, Xabib Yusufiy va boshqalarning nomlari O’zbekiston va jahonga tanildi[1].

Samarqand davlat universitetida matbaa ishlari yaxshi yo’lga qo’yilgan. “SamDU ilmiy axborotnomasi” jurnaliyiliga 6 marta rus va o’zbek tillarida nashr etiladi.